Bye bye biostats

Voici un moment de célébration : je peux maintenant brûler mes notes de cours de Biostatistiques I dans un beau feu de joie (hmmm ça me fait penser à la fin de mon cours d’histoire de la session d’automne cette phrase) !

La prof de travaux pratiques vient de me confirmer une note de A- via MSN… Oui oui, elle est sur MSN. Ça c’est une prof hot ! Moi qui pensais que j’allais devoir me déplacer jusqu’à l’université uniquement pour aller voir ma note sur le babillard et revenir comme nous l’avait dit le prof de la partie théorique, et bien il m’a suffit de demander sur MSN gentiment et paf ! Réponse instantanée !

Toujours est-il que ce cours fut d’un ennui mortel. Je comprends l’utilité potentielle de la matière, mais la façon dont elle est enseignée la rend ridicule; on nous conditionne seulement à suivre des recettes sans se poser de questions ! Ce n’est pas là l’essence des études supérieures il me semble. Sans oublier que la recherche dans les tables représente un haut risque d’erreurs stupides. La partie du cours concernant la programmation du langage R m’a parut plus utile et aussi plus amusante. Je vais laisser le logiciel installé sur mon ordi; on ne sait jamais. À part ça, il me restera mon gros manuel de Scherrer que j’ai un peu surligné et auquel j’ai mis des petits index de couleurs parce qu’il fallait bien que j’essaie de me le rendre moins endormant…

J’ai tout de même réussi l’examen final avec 85% en ayant étudié 2h30 le jour avant l’examen. Vive les évaluations à livres ouverts ! Avec ces 3 crédits supplémentaires, j’ai maintenant 39 crédits sur les 90 de mon bac, réussis en un an sur 3 !

Arrive session d’automne, arrive. J’ai vraiment hâte à mes cours de bactériologie et compléments de biologie cellulaire. ^_^

Le mystère de l’ornitho

Mon abonnement à Nature est décidément un très bon achat ! J’ai particulièrement aimé l’édition spéciale consacrée à la traduction et au diagnostique moléculaire du cancer. Je ne m’attendais toutefois pas à ce que Nature me fasse rire…

Or, dans l’édition du 8 mai que je viens tout juste de recevoir se trouve un article de 9 pages intitulé “Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution”, ce qui accompagne la tête d’ornithorynque en gros plan sur la page couverture !

Un article sur le même sujet a aussi été publié sur le site de Nature : “Top billig for platypus at end of evolution tree”. Il faut cependant être abonné pour y avoir accès. Pour plus d’informations, je vous conseille donc ce qu’a trouvé mon frère sur Cyberpresse : « L’ornithorynque: un oiseau, un reptile et un mammifère, confirme son génome ».

Pour en revenir à Nature… Ces articles scientifiques mettent en évidence les caractéristiques des mammifères, des reptiles et des oiseaux que possède Ornithorhynchus anatinus afin de trouver la place qu’il occupe dans l’arbre phylogénétique de l’évolution. Ainsi, notre gentil petit monotrème (à la fois mammifère et ovipare) a des pattes palmées, des crochets à venins, une queue de castor, un bec de canard et de la fourrure. Encore plus étrange, il est doté du sens de l’électrolocalisation, c’est-à-dire qu’il peut repérer ses proies par les champs électriques que produisent leurs contractions musculaires.

Fait intéressant, pour allaiter les petits, l’ornithorynque n’a pas de mamelons, mais bien de simples pores à travers lesquels le lait peut sortir.

“The analysis shows that the platypus has genes for the family of milk proteins called caseins, which map together in a cluster that matches that of humans. This is a sign that one of the genetic innovations that led to the development of milk occurred more than 166 million years ago, and after mammals first split from the lizard-like sauropsids that gave rise to modern reptiles and birds.”

De plus, dans le mode de développement des jeunes, notre chimère partage des procédés avec les marsupiaux et possède des gènes de fertilisation ayant jusqu’à maintenant été retrouvés uniquement chez les poissons, les amphibiens et les oiseaux.

Bref, l’ornithorynque n’a vraiment rien de normal ! Même la détermination génétique de son sexe ne ressemble à rien d’autre :

“The sex of the platypus is determined by a set of ten chromosomes, an oddity that sets it apart from all other mammals and from birds.”

Décidément, on se trouve devant un mystère. Le petit monotrème que je trouve plutôt mignon a un grand potentiel pour les scientifiques. En comprenant les mécanismes et les origines de son évolution et en différenciant ses caractéristiques analogues ou homologues, c’est toute l’histoire de l’évolution qui pourrait s’éclaircir, particulièrement les transitions entre les reptiles, les oiseaux et les mammifères.

“There is nothing quite as enigmatic as a platypus.”

Bilan d’un an en bio 2

Le roman de l’année, partie 2 : le bonheur des études supérieures !

Les bons côtés maintenant, car j’ai aimé ma première année de bac ! Il faut dire que le tout avait bien commencé… Mon premier cours à l’université a été donné dans un grand amphithéâtre avec le trop sympathique David Morse. Je me sentais comme à un spectacle ! Le voir aller devant nous en parlant de sa biologie cellulaire tout en nous mimant Star Wars avec son pointeur laser pour nous réveiller de temps à autres était simplement agréable.

Il y a aussi le cours de génétique du mythique Mario Cappadocia qui fut toute une aventure. Fervente de génétique que je suis, j’ai apprécié ce cours malgré qu’il m’a semblé un rappel du cégep pendant la première moitié de la matière… Durant ces cours-là, j’ai au moins gagné en culture générale, car M. Cappadocia passe son temps à donner des exemples issus de la Renaissance ou de la Grèce antique pour expliquer l’hérédité de diverses maladies génétiques. Sans oublier les opéras qu’il fait jouer avant les cours et pendant les pauses ou lorsqu’il nous les chante lui-même (il prend des cours de chant et le moins qu’on puisse dire c’est qu’il a de la voix) !

Ce que je retiens cependant le plus tient en cinq mots : biochimie, astrobiologie, biologie moléculaire et virologie. Dans l’ordre chronologique…

Session d’automne : Ahhhh biochimie ! Extase ! Ce cours nous avait été présenté comme mortel sur le plan académique. Il est vrai qu’il y a une quantité non négligeable de connaissances à retenir… La première moitié fut un peu dure à suivre; il s’agissait de définitions, la partie de par coeur totale. Toutefois, après les 6 premiers cours arrivait en scène Alain Moreau pour reprendre la matière et la mettre en mouvement ! Comprendre le métabolisme est très intéressant ! J’ai particulièrement adoré le chapitre sur l’ADN ! On se sent véritablement plus intelligents après ce cours !

Ensuite la session d’hiver… Astrobiologie parce que ce cours optionnel fut un bonbon ! Une petite perle d’intégration de toutes les sciences ! Robert Lamontagne, directeur de l’Observatoire du Mont-Mégantic, nous a passé l’Histoire de l’Univers en entier en 12 cours avec un génie remarquable ! Des notions de physique nucléaire, en passant par la chimie organique, la matière sombre, l’évolution, jusqu’aux hypothèses du développement à venir du cosmos, ce fut un délice ! Il a même été jusqu’à nous cuisiner une météorite en classe et à nous passer des extraits du succès américain Armageddon pour en ridiculiser les bases scientifiques (« Un astéroïde “the size of Texas” ! »).

À cette même session, Annie Angers et sa biologie moléculaire. La prof est tout simplement dans son monde ! Elle est un dictionnaire vivant du monde de l’ADN, ça inspire l’admiration ! Oui oui ce cours était pratiquement entièrement basé sur l’ADN ! Vous comprenez mon délire ! Je n’ai jamais appris jusqu’ici de notions plus poussées que celle-là. Nous avons vu des détails si spécifiques, des tas d’enzymes, les moindres petites protéines intervenant dans la réplication, la transcription ou la traduction et pourtant, il en resterait encore à voir pour des années d’étude dans ce domaine seulement. Il est merveilleux de voir à quel point la vie est complexe ! Vive Annie Angers, vive la biologie moléculaire !

Et finalement vient le cours de microbiologie… Assez endormant car encore là, il s’agissait de définitions à retenir pour la majeure partie du programme. Cependant, pendant 2 cours, nous avons eu le bonheur d’avoir Guy Lemay pour nous introduire à la virologie. Cette partie, combinée aux 3 périodes sur l’immunologie, a été très intéressante !

Ce qui me fait penser que puisque ce qui m’a le plus intéressée cette année fut l’ADN, les virus et le système immunitaire, la virologie me serait bien indiquée comme choix de carrière… Bon bon je sais, je me calme, il me reste 2 ans pour me décider. Et vive les vacances !

De plus, je peux relaxer un peu maintenant puisque j’ai d’assez bonnes notes pour suivre le cheminement Honor ! Ce cheminement spécial peut être suivi par les élèves ayant une moyenne cumulative pondérée d’un minimum de 3,5 (soit environ 85%) à la fin de leur 3e session. Or, je stressais un peu en début d’année, me demandant si je pouvais avoir à l’université d’aussi bonnes notes qu’au cégep ou au secondaire. Et bien il semblerait car ma cote jusqu’à maintenant me suffirait amplement ! Fin du stress !

En résumé, malgré quelques déceptions, ma première année en sciences biologiques me comble de joie ! Bon, c’est sûr qu’il y a un peu trop de par coeur à mon goût, mais je peux comprendre qu’en première année on pose les bases pour en faire quelque chose dans les années suivantes. Je prévois donc une deuxième année plus intéressante que la première et j’espère par conséquent ne pas trop peiner à étudier en baillant… L’élément à retenir de tout ceci est donc tout de même que l’université, ça rend accro au café !

Je peux maintenant profiter des vacances (à travers mon cours de biostats en session d’été…).

Conférence de l’AMQ

Ce matin avait lieu le dernier cours de microbiologie de ma session. Or, il fut agréablement remplacé par une conférence de Christian Beaulac, Président de l’Association des microbiologistes du Québec.

Ce dernier nous a éclairés sur le rôle des microbiologistes et je suis ravie de voir qu’il y a une grande diversité de tâches reliées à cette profession. C’est un petit bonheur pour moi qui a horreur de faire une seule chose à la fois. Je me suis aussi étonnée de voir combien le Président a l’air jeune ! C’est réjouissant de penser que tout ce qui a trait à la politique n’est pas nécessairement réservé aux plus âgés.

Plus important encore, ce qui m’a fait sourire, c’est lorsqu’il a abordé la question des Ordres professionnels. Lui et moi sommes du même avis sur ce sujet, avis que j’ai d’ailleurs exprimé dans mon article « L’Ordre des biologistes ? » il n’y a pas si longtemps.

Après nous avoir conviés à signer la pétition pour l’incorporation, il nous a demandé de devenir membre de l’AMQ. Il est évident qu’une association comptant beaucoup de membres a plus de poids politique lors d’éventuelles discussions avec le gouvernement. Je vais donc m’empresser de devenir membre-étudiant de l’AMQ et ce, avec fierté !

Bon maintenant Monsieur Charest, à quand notre Ordre ?

Nature

Je pourrais aussi bien classer cet article dans ma gélose chocolat… Connaissez-vous la revue scientifique Nature, International weekly journal of science ? En clair, on peut parler du but ultime de tout scientifique digne de ce nom ou quelque peu mégalomane. Il s’agit de LA référence dans laquelle de nombreux articles scientifiques très spécifiques de toutes sortes sont publiés.

Quelques articles en début de chaque ouvrage sont un peu vulgarisés, mais plus de la moitié sont de véritables capharnaüms de détails pointus, de graphiques et schémas avec des titres d’une grande précision, tel celui-ci : “Sequence - and target - independent angiogenesis suppression by siRNA via TLR3″. Je n’ose même pas m’imaginer moi-même comprendre ces articles… Du moins pour le moment.

Alors que chaque revue coûte 10$ dans des kiosques ou qu’un abonnement demande 300$ pour 52 revues sur un an, petite étudiante en biologie que je suis, j’ai le rabais de m’y abonner pour un maigre 99$ ! Moins de 2$ CAN par revue pour des articles d’une telle valeur scientifique ! Je n’en reviens pas !!!

J’attends donc patiemment la réception de ma première Bible pour m’y perdre en confusion, mais avec bonheur lors de mes lectures ! Si j’arrive pour le moment à comprendre ne serait-ce qu’un article par revue (qui font chacune environ 100 pages), je serai comblée !

Mon futur dada ? Les articles en lien avec l’ADN, l’ARN et les ribosomes ! C’est définitivement mon amour de première année d’université. Merci cours de biochimie et de biologie moléculaire !

Rosemerta la pharmapedia

« La saga épique de Doris et sa progéniture en culture, chapitre dernier » ou « De l’utilité des travaux pratiques au baccalauréat en biologie ».

Et oui, je suis sortie d’un autre TP de microbiologie en soupirant… Je vous présente le résultat final de 3 séances : l’élue des mycètes, la fungi wannabe, la colonie-tapis !

Certificat de naissance

Nom : Rosemerta

Mère/père : Doris

Date : entre le 19 février et le 24 février 2008

Lieu : Université de Montréal, pav. Rauger-Gaudry, T-600, place 11-48, gélose pharmapedia

Taille : environ 3 cm de diamètre

Le certificat de décès maintenant ? La pauvre Rosemerta n’aura servit que 30 secondes pour prendre un échantillon de la gélose qui l’entoure afin de découvrir si Doris et elle produisaient un quelconque antibiotique.

Réponse ? Non. Pour en venir là, nous aurons fait quelques striations, i.e. des frottages en zigzag, entrecoupées de longues attentes. Voilà ce à quoi on perd notre temps dans les cours de microbiologie à l’Université de Montréal. À quand mon doctorat et la sainte paix des expérimentations inutiles ? J’aurai au moins su m’amuser un peu à défaut d’apprendre quelque chose de pertinent.

Doris, le jour J

Ô Doris, j’espère que tu as rejoint le paradis des moisissures… Vous comprenez; Doris n’est plus. J’ai laissé ce qui en restait ce matin dans un bac de vaisselle. Juste avant, une petite partie de Doris a été frottée pour inoculer une gélose Pharmapedia toute neuve que j’observerai lundi prochain.

Si le tout fonctionne bien, l’enfant de Doris sera alors né et je pourrai vous présenter Rosemerta, alias Doris Junior.

Consciencieuse que je suis, j’ai pris une photo de sa mère, quelques heures avant sa mort… La voici dans toute sa splendeur, bien mature, chevelue et verdâtre à souhait.

Le traitement au réfrigérateur avait si bien fonctionné que je n’ai pas eu besoin d’une nouvelle gélose ordinaire pour Doris. Son petit pétri aura donc été son seul monde durant les 12 jours de sa vie heureuse.

C’est quand même fou… des millions d’organismes confinés à un tout petit espace, sans conscience du monde extérieur. Et si ce que nous appelions l’Univers était en fait un pétri posé sur le coin d’une table de laboratoire d’une race supérieure ? Je me demande si le petit étudiant qui ferait son projet de recherche sur nous s’en trouverait vraiment intéressé. Comme quoi tout est relatif et pour cette raison, Doris m’aura inspiré le respect malgré ses ambitions et ses possibilités restreintes de moisissures en culture.

Amen.

Doris au froid

Toute l’attention que je porte à ma gélose l’aurait-elle trop motivé ? Alors qu’elle était tout juste âgée de 34 heures, une petite anxiété m’a gagnée…

Le pétri de Doris fait 8,5 centimètres de diamètre. Bref, c’est un pétri standard. Or, avec la croissance exponentielle de ma moisissure, à partir du moment où je vois ça (image de droite), je me dis que ce ne sera pas bien long avant que l’habitat de Doris soit trop petit pour elle !

« Vous avez 2 semaines pour faire pousser vos moisissures, alors dépêchez-vous ! » Me dépêcher ? Ah oui ? En moins 2 jours j’ai récolté assez de microorganismes pour inoculer des dizaines de milliers de géloses ! Pourquoi nous donner 2 semaines ?

Ainsi, malheureusement, les tests que je dois faire passer à ma moisissure ne sont que le 18 février. D’ici là, mes jolies petites colonies risquent de s’être intoxiqué avec leurs propres déchets métaboliques ou alors le milieu nutritif aura été entièrement consommé par l’orgie qui semble avoir lieu dans mon pétri !

Pour sauver la vie de Doris, j’ai donc décidé, il y a 24 heures, de ralentir son développement… Dites-moi, à quoi servent les réfrigérateurs ? Il est temps de jeter un oeil à Doris pour voir si sa petite cure au froid l’a endormie un peu.

Le traitement fonctionne ! Poursuivons son application jusqu’à ce que je puisse obtenir une gélose tout fraîche lors de mon prochain laboratoire, lundi. J’en ferai un nouvel inoculum et ce sera comme si Doris avait un enfant !

Récit de la gélose

WOW ! Phénomène paranormal, j’ai un devoir à l’université !!! Oui oui, pour la première fois j’ai un devoir à faire et ce pour mon cours de microbiologie. Et quel est-il ? On m’a remis une gélose et je dois écouvillonner une moisissure. J’ai 2 semaines pour la faire pousser le mieux possible et je devrai ensuite la tester pour savoir si elle produit des antibiotiques.

Je me suis donc empressée de demander de l’aide à mère pour fouiller dans le réfrigérateur parmi tous ces fromages puants que mes parents aiment tant manger. Bien au fond, eurêka ! Une petite tache verdâtre sur un vieux fromage ! Ma gélose est ensemencée et je dois maintenant veiller sur elle. Afin de stimuler sa croissance et lui donner goût à la vie, rien n’est trop beau ! Je vous présente donc Doris, la gélose Sabouraud en Pétri !